Эта служба начала формироваться в 1992 году с целью охраны природных комплексов и объектов заповедной территории и пресечения незаконной на ней деятельности. Сегодня в штате отдела охраны 35 госинспекторов, которые обслуживают три участка: Мультинский, Капчалский и Верх-Катунский.

Построено три кордона и восемь зимовий. Несмотря на трудные природные условия и недооснащенность средствами связи, охранные рейды проводятся регулярно в течение всего года. Также инспекторы заповедника совместно с природоохранными службами района участвуют в рейдах по охране животного мира. Итогами их работы стало прекращение незаконного выпаса скота и сплошной вырубки леса, которые продолжались в течение 30 лет со стороны Казахстана, снижение случаев браконьерства.

Растительный покров начал восстанавливаться, в леса вернулись грациозная косуля, марал, медведь и другие обитатели тайги. На базе заповедника для повышения профессионального уровня госинспекции ежегодно проводится техническая учеба.

Служба охраны принимает активное участие в сборе научной информации и сопровождении научных экспедиций, туристических групп, в работе детских экологических лагерей.

Общие сведения | Физико-географическое расположение |Природа | Устойчивое развитие | Научные исследования| Штат заповедника | Отдел охраны | Эколого-просветительский отдел | Эколого-познавательные туристические маршруты